混合培養系の探索において相互作用現象が確認できた場合は、その条件における遺伝子発現を網羅的に解析し、両者の細胞でどのような応答が起こっているかを明らかにします。さらに、どの遺伝子が化合物の生合成に関与しているか、また、どのようなシグナル伝達を介してこの現象が制御されているかを推定します。
Aspergillus属菌では遺伝子破壊実験が比較的容易ですので、候補遺伝子の破壊株を作製して検証することが可能です(図4)。
これらの解析を通して、なんの化合物(What)が、どの遺伝子(Where)から、どの菌(Who)を相手に、どのように(How)産生するようになるのかという点を明らかにし、新しい相互作用現象を紐解くことができます。